מדרשת בית שאן  נוסדה בשנת תשנ"ג (1993), מתוך רצון לקחת חלק בתנופת הפיתוח החינוכית והחברתית באזור.

 בין מטרותיה: לעסוק בהעמקת הזהות היהודית ולהוות קורת גג לדו-שיח בין זרמים ורבדים שונים בעם.

פעילות המדרשה מאופיינת בתוכניות ייחודיות המשלבות בתוכן למידה ועשייה, ופותחות בפני הלומד את תרבות ישראל ומקורותיה מן התנ"ך ועד ימינו אלה.

 מגוון התוכניות במדרשה, מביאות לידי דיון בסוגיות אקטואליות המעסיקות את החברה הישראלית.

תחומי פעילות המדרשה: 

פעילות לגיל הרך.

פעילות לבתי"ס יסודיים.

פעילות לבתי"ס על יסודיים.

פעילות למבוגרים.

פעילות לאוכלוסיות מיוחדות.

פעילות לציבור הרחב.